蛋白质设计正快速进入AI时代,但这样的领域仍然缺少一把真正公开、可信、统一的尺子。不同团队使用不相同靶点、数据集、实验条件和评价方法,一个模型在计算中表现优秀,并不代表它设计出的蛋白能够顺利表达、稳定存在、特异结合,并最终产生预期的生物学功能。
真正决定蛋白质设计价值的,不是计算分数,而是设计出来的分子能否在真实实验中成立。
基于这一判断,镁伽科技携手国内头部药企、明势创投等多家合作伙伴,正式发起Poreva Open——全球AI蛋白质设计挑战赛。项目将引入产业界真实药物研发需求来做赛题设置和评价维度设计;明势创投则从早期科技投资到科技成果转化视角参与生态共建,连接创新团队与产业资源,推动优秀成果落地。
项目面向全球科研团队、人工智能团队、生物技术企业、高校实验室和独立研究者开放,不限定模型、不限定技术路线+条蛋白质设计进行统一、双盲的湿实验验证。
Poreva Open将围绕分子设计结果和真实实验表现,对完整蛋白质设计系统在真实实验中的泛化能力、成功率和研发效率做综合评估。
Poreva Open是一项开放挑战。项目将采用统一赛题、统一实验体系、统一评价标准和赛前冻结规则,让不同模型和设计路线能够在尽可能一致的条件下接受真实实验检验。
该项目的长期目标,是建立一个持续更新的开放蛋白质设计实验基准。未来每一届都会引入新的靶点、设计任务和评价维度,让不同代际模型在真实实验条件下持续比较。
除公开赛题外,还将逐步引入隐藏靶点和盲测任务,减少既有公开数据对结果的影响,更真实地评价模型面对未知科学问题时的泛化能力。
首届Poreva Open将建立一套综合评价体系,围绕蛋白质设计过程中有代表性的关键指标开展实验验证,覆盖可表达性、结合能力、特异性、细胞功能、理化性质和成药性等核心维度。
在基础实验验证之外,排名*的设计还将进入更复杂的生物学验证体系,并在类器官等更接近真实生理环境的模型中接受进一步评价。
通过多层次实验评价,比赛关注的不仅是蛋白质能否实现预期结合,还将进一步评估其在更真实的生命体系中的功能表现,以及作为潜在药物候选物的开发价值。
Poreva Open的全部实验验证计划在MegalaxyLab镁伽鲲鹏实验室完成。依托高通量规模化蛋白表达、纯化、结合检测、细胞功能评价和类器官实验能力,MegalaxyLab将在统一实验条件下完成万级设计的标准化验证,并对样本、实验过程和数据结果进行全过程追踪。
对于AI蛋白设计而言,模型能够在较短时间内生成大量候选序列,但这些序列最终能否成立,仍需要实验体系进行检测验证。Poreva Open将数字世界产生的大规模设计,统一送入实验流程,提供规模化、标准化的真实实验反馈。
大规模实验能力也将成为这一开放基准的重要组成部分。随着参赛规模扩大,项目能持续积累不同模型、不同设计策略与实验结果之间的对应关系,为后续模型训练、方法改进和科学研究提供数据基础。
Poreva Open将在正式提交前公开及冻结核心规则,并遵循以下四项原则:
第 一,规则赛前冻结。赛题、实验协议、评分规则将在设计提交前公开,减少规则变化对参赛结果的影响。
第二,实验双盲进行。参赛设计和实验执行环节进行信息隔离,降低人的因素对实验过程和结果判断的影响。
第三,开放成功与失败数据。在知识产权与合规要求允许的范围内,项目将统一整理实验样本、实验结果及有关数据,逐步向社区开放。失败数据同样纳入数据体系,为研究人员了解不同设计方法的边界提供参考。
第四,设置独立参考队伍。镁伽科技及产业合作方相关团队将参与赛事,并作为参考队伍独立排名,不占用参赛团队的奖项及合作机会。
Poreva Open将持续构建三个层次的长期价值:建立可信实验基准,沉淀高质量开放数据,并发现真正具有科学和转化潜力的分子与团队。
未来项目将持续引入新的蛋白质设计问题、新的疾病与药物靶点、新的评价方式和更复杂的生物模型,逐步建设成为一个面向全球、长期开放、持续迭代的蛋白质设计实验基准。
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